Sekolah Tinggi Theologia “Parakletos” Tomohon diselenggarakan oleh Gereja Sidang-sidang Jemaat Allah di Indonesia (GSJA) yang adalah anggota PII (1975) dan PGI (2005). ‘Bendera’ GSJA dikibarkan ditanah Minahasa pada bulan Mei 1951 oleh Leonard Lanphear, Harold Carlblom dan Morris Devin.
“Sekolah Alkitab Minahasa” adalah nama awal lembaga ini. Pembangunan fisiknya dimulai pada awal tahun 1952. Siswa- siswa angkatan pertama tahun itu (diberi nama, kelas “Perintis”) adalah : J. D. Kairupan; Mawikere; Jonas Luntungan; Bernard Runtu; Yulius Ratag; J.D. Tumengkol; Kambey; Armen Tangka.
Seiring dengan berkembangnya pelayanan dari sekolah ini, nama dan statusnyapun mengalami perubahan-perubahan. Tahun 1963 nama sekolah ini dirubah menjadi “Sekolah Theologia Minahasa”. Pada tahun 1984 menjadi “Perguruan Tinggi Theologia Parakletos”. Tahun 1991, nama institusi ini menjadi “Institut Theologia Parakletos”. Akhirnya, pada tahun 1994 namanya menjadi “Sekolah Tinggi Theologia Parakletos”.
Nama “Parakletos” dipilih oleh Rev. Peter Sleebos (ketua sekolah saat itu, 1984), untuk menunjuk kepada Roh Kudus yang menjadi Penolong. Kata “Parakletos” diambil dari kata Yunani yang menunjuk kepada Allah Roh Kudus (παράκλητος: Penghibur, Penolong, Pembela; Yoh 14:26).
Lembaga pendidikan ini telah diakreditasi oleh Pemerintah dengan Status Terdaftar berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 362 tahun 1999 untuk prodi S.Th. Selanjutnya di akreditasi dengan SK Menteri Agama RI No: DJ.III/SKEP/HK. 00.5/167/5150/2003 untuk prodi S.Th dan S.PAK. Selanjutnya STT Parakletos Tomohon mendapat Perpanjangan Ijin dari Kementerian Agama RI. No:DJ.III/KEP/HK.005/371/2011. STT Parakletos Tomohon sudah terdaftar di BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional – Perguruan Tinggi) dan telah di Asesmen Lapangan oleh BAN-PT (Prodi S.Th), pada tanggal 12-14 Mei 2014 dan tinggal menunggu nomor SK Akreditasi BAN-PT.

STT Parakletos Tomohon telah menyelenggarakan Ujian Negara untuk Program Studi M.Th pada tanggal 9 Juni 2014 berdasarkan SK dari Kementerian Agama RI No.DJ.III/Kep.HK.00.5/867/2012. Selanjutnya telah diprogramkan untuk program Studi S.Pd.K. (sarjana Pendidikan Kristen) dan M.Pd.K (Magister Pendidikan Kristen) untuk di proses SK ijin penyelenggaraannya dari Kementerian Agama RI dan Akreditasi dari dan BAN-PT.
Pada Tahun 2020 STT Parakletos telah mendapatkan perpanjangan status akreditasi dan peringkat terakreditasi Prodi sarjana Teologi dengan SK No. 575/SK/BAN-PT/AK-PPJ/S/I/2020. Pada akhir tahun 2021 STT Parakletos mendapat akreditasi Institusi dengan SK. No: 893/BAN-PT/AK-PKP/PT/XI/2020. Pada awal tahun 2022 STT Parakletos mendapat perpanjangan akreditasi Prodi Teologi (S1), dengan peringkat akreditasi baik. Terakreditasi Institusi dengan No. 826/SKBAN-PT/Akred/S/PT/IX/2021 dan terakreditasi Lamdik dengan No. 1001/SK/LAMDIK/Ak-S/S/VII/2024.